La Communauté d'agglomération de l'Auxerrois est un Etablissement public de coopération intercommunale (EPCI) qui répond aux principes de spécialité et de subsidiarité. Ce n'est donc pas une collectivité territoriale à proprement parlé. Un EPCI n'exerce pas d'autres compétences que celles inscrites dans ses statuts, de même qu'il intervient exclusivement dans les domaines justifiant d'être mis en œuvre à son échelle.
Le regroupement intercommunal est fondé « sur la libre volonté des communes d'élaborer des projets communs de développement au sein d'un périmètre de solidarité » caractérisé par une cohésion géographique, culturelle, économique et sociale.
D'un seul tenant et sans enclave, une communauté de communes peut se transformer en communauté d'agglomération si elle regroupe au moins 50 000 habitants autour d'une ville centre de plus de 15 000 habitants.
Cette étape est conditionnée à l'élargissement des Compétences pour une meilleure intégration.
En outre, la Contribution économique territoriale (CET) qui remplace pour partie l'ancienne taxe professionnelle, devient de ce fait, entièrement perçue par l'agglomération, redistribuée aux communes selon des modalités validées en conseil communautaire au moment de la transformation de la communauté de communes en communauté d'agglomération.
La Communauté d'agglomération de l'Auxerrois créée en 2011, regroupe près de 71 700 habitants dont environ 36 000 à Auxerre.
(PETR) constitué le 20 février 2015, elle coordonne les débats autour de la co-construction du Projet de territoire du Grand Auxerrois qui rassemble l'Aillantais, de l'Auxerrois, du Pays du Chablisien, d'Entre Cure et Yonne, du Florentinois, du Migennois et du Seignelay-Brienon.
Huit intercommunalités appelées dans une logique d'efficience à mettre en perspective et en cohérence leurs projets dans un Schéma de cohérence territorial (SCOT).